當你連接一個MySQL服務器時，你通常應該使用一個口令。口令不以明文在連接上傳輸。
所有其它信息作為能被任何人讀懂的文本被傳輸。如果你擔心這個，你可使用壓縮協議(MySQL3.22和以上版本)使事情變得更難。甚至為了使一切更安全，你應該安裝SSH。用它，你能在一個MySQL服務器與一個MySQL客戶之間得到一個加密的TCP/IP連接。
為了使一個MySQL系統安全，強烈要求你考慮下列建議：
對所有MySQL用戶使用口令。記住，如果other_user沒有口令，任何人能簡單地用mysql -u other_user db_name作為任何其它的人登錄。對客戶機/服務器應用程序，客戶可以指定任何用戶名是常見的做法。在你運行它以前，你可以通過編輯mysql_install_db腳本改變所有用戶的口令，或僅僅MySQL root的口令，象這樣：
shell> mysql -u root mysql
mysql> UPDATE user SET PassWord=PASSWord('new_passWord')
WHERE user='root';
mysql> FLUSH PRIVILEGES;
不要作為Unix的root用戶運行MySQL守護進程。mysqld能以任何用戶運行，你也可以創造一個新的Unix用戶mysql使一切更安全。如果你作為其它Unix用戶運行mysqld，你不需要改變在user表中的root用戶名，因為MySQL用戶名與Unix 用戶名沒關系。你可以作為其它Unix用戶編輯mysql.server啟動腳本mysqld。通常這用su命令完成。對于更多的細節，見18.8 怎樣作為一個一般用戶運行MySQL。
如果你把一個Unix root用戶口令放在mysql.server腳本中，確保這個腳本只能對root是可讀的。
檢查那個運行mysqld的Unix用戶是唯一的在數據庫目錄下有讀/寫權限的用戶。
不要把process權限給所有用戶。mysqladmin processlist的輸出顯示出當前執行的查詢正文，如果另外的用戶發出一個UPDATE user SET passWord=PASSWord('not_secure')查詢，被允許執行那個命令的任何用戶可能看得到。mysqld為有process權限的用戶保留一個額外的連接, 以便一個MySQL root用戶能登錄并檢查，即使所有的正常連接在使用。